八旗本无高低之分。清军入关前,八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王(皇帝)直接统领,其它6旗分别由汗王的子侄统领。惟镶黄旗只属于皇帝一人。镶黄旗内除了皇帝之外.没有其他宗室。稍后,皇权进一步加强,正黄旗与正白旗又归皇帝统属。
入关以后,宗室王公皆分隶镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝等五旗,皇子分府全部拨入这五旗。再无入正黄与正白旗的人。如此始有上三旗,下五旗之分。实际上,上三旗与下五旗只是相对于包衣佐领而言的,而与皇族和普通旗人无关。皇室管家内务府三旗的包衣佐领,主要服务于宫廷。下五旗亦设包衣佐领,皆为王府所属,各随其主之旗。
清顺治七年(1650年),摄政王多尔衮去世,清世祖顺治开始亲政。他为了加强对八旗掌控,亲自统领了原属多尔衮的正白旗,这样由皇帝控制的正黄、镶黄、正白三旗,称为上三旗;由诸王、贝勒掌控的镶白、正蓝、镶蓝、正红、镶红五旗,称为下五旗,此后终清未改。上三旗较下五旗为崇,是皇帝的亲兵,担任禁卫皇宫等任务,下五旗驻守京师及各地。
雍正为进一步加强中央集权,削弱诸王、贝勒对各旗的控制,严格区分下五旗中的旗分佐领(俗称外佐领)和府属佐领(俗称内佐领)的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领,实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左,称为左翼;正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右,称为右翼。镶黄旗又称头旗。
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