满族人是从马背上取得的江山，对于马他们有着深厚的感情。因此，自从入关后就加大了对马匹的管理，并在中央官制中建立了三个部门用来管理马政。这些衙门是兵部车驾清吏司、太仆寺和内务府上驷院，通常情况下这些衙门的官员只管马而不管人。
兵部车驾清吏司
车驾清吏司的建制是：郎中，宗室1人，满汉各1人共3人;员外郎，宗室1人，满2人，蒙古1人共4人;主事，满汉各1人;笔帖式若干人，经承6人。其分设的办事机构有马政科、马档房、驿传科、脚力科以及递送房等部门。
车驾清吏司的主要执掌是：一为“颁天下之马政，以裕戒备”;二为“凡邮驿皆掌之”，三为“选銮仪卫司更者”。由此可见，车驾清吏司管理着全国八旗、绿营的战马和各地驿站的驿马，凡是和马政关系紧密的都在它的管辖范围之内。
清代在驻防制度上采取的是八旗拱卫京师，其军马也被称为“八旗官马”;地方上以八旗驻军和绿营两个系统掌管军事，因此它们的军马称为“八旗驻防马”和“绿营马”。这些军马皆有车驾清吏司厘定数额，倒毙、缺额时或给予补充或实行买补，从一定意义上来说，军马就是和武器粮食一样，都是战略物资。
太仆寺
太仆寺和车驾司最主要的区别就是，一个是管马的，一个是牧马的。也就是说太仆寺的职能主要是管理全国各地的马场。清代太仆寺的职官设置是：满汉卿各1人，满汉少卿5人。乾隆四十四年(1779年)以后，派大臣一人兼管。到了嘉庆十三年(1808年)，又停派兼管大臣，以后规定卿，满汉各1人，少卿满汉各1人。
太仆寺始设于顺治元年(1644年)，起初并无衙署，附设于兵部武库司，主要掌管直隶、山东、河南、江南征收马匹的考核、奏销等事宜。当年十二月裁撤，其所管事务被划入户、兵两部。
顺治二年(1645年)又复设太仆寺，执掌如前。康熙时期太仆寺的职能有发生了一些细微的变化，直到雍正三年(1725年)太仆寺才从兵部武库司独立出来，并另行建造衙署办公。嘉庆六年(1801年)，太仆寺所管辖的巡行扈从、牵驼驮载等事划归护军统领衙门管理，自此后，太仆寺专管口外左右两翼牧场。
上驷院
上驷院是内务府的下属机构，它的职责是管理皇家马匹、车辆，尽管上驷院是为皇室服务的，但它的执掌在很多方面都关系到国家政务的实施。
上驷院的具体业务：一是管辖京城内外18处马厩。内马厩设于皇城，凡御马及副马、仗马各一厩;川马一厩;公马五厩;驾车马骡二厩。外厩设于南苑，御马及内马共六厩;又安河公马一厩。各厩设有厩长、厩副、厩丁、草夫等役负责马厩事宜。二是上驷院掌管口外三牧场即大凌河、商都达布逊诺尔和达里冈爱。
马政管理除了上面三个中央机构外，在地方上也有马政机构。明代时西北一直是朝廷的牧场，那里出产了大量的军马而且品质上乘。清代初年，西北地区并没有设立牧场，直到乾隆年间西北用兵这才深感内地发马匹之不便，这才在西北大兴马场，而与之相应的马匹管理机构也应运而生了。
西北的马政组织管理机构主要分为两个系统，即八旗和绿营两个系列。其中绿营系统所属的马厂主要是由各提镇管理，受陕甘总督的节制，因此陕甘总督的全名上就有了“管理茶马兼巡抚事”的字样。而且自总督以下的提督、总兵，在其职衔中都有“总理马政”的字样，以明专责。八旗系统以伊犁将军衙门为最高马政机构，其中设有“驼马处”专门负责军马的管理。
地方上，除了西北其他地方也就没有所谓的 马政了，道理很简单，内地各省因为地理条件的限制，并不出产马匹，就算有产出其数量也很少，所以就不设马政管理机构了。
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