清朝入关后，为了更好统治汉地十八省，压制汉人反抗，在沿袭明朝制度，各省分设巡抚、布政使、按察使等要员以外，又在临近的两省、三省之地，设置统一管理数省军政大权的总督一职。
到乾隆年间以后，遂成定制：
直隶总督：驻保定，后移至天津；管辖直隶省（今河北省、北京市、天津市），清末又兼任北洋大臣；
两江总督：驻江宁（今南京），管辖江苏省、安徽省、江西省，（今江苏省、安徽省、江西省、上海市），清末又兼任南洋大臣；
湖广总督：驻武昌，管辖湖北省、湖南省；
两广总督：驻广州，管辖广西省、广东省（今广西区、广东省、海南省）；
四川总督：驻成都，管辖四川省（今四川省、重庆市）；
闽浙总督：驻福州，管辖福建省、浙江省（今福建省、浙江省、台湾省）；
陕甘总督：驻兰州，管辖陕西省、甘肃省，清末又增加新疆省（今陕西省、甘肃省、宁夏区、新疆区）；
云贵总督，驻昆明，管辖云南省、贵州省；
而山西、河南、山东三省，在之前的顺治、康熙、雍正年间，也一度设置过山西总督、山陕总督（辖山西、陕西两省）、河东总督（辖河南、山东两省），后来都裁撤了，从乾隆时期起，就专设巡抚统管一省军政，不再设置总督。
清末，又增设东三省总督，驻盛京（沈阳），管辖黑龙江省、吉林省，奉天省 （今黑龙江省、吉林省，辽宁省）；
和之前常设的八大总督，合称为九大总督。
其他如漕运总督、南河总督、北河总督等官职，有总督的名头，但和前面这些地方总督的本官品级都不一样，要略低一等。
各大地方总督是：“兵部尚书衔，兼都察院右都御史衔”，兼管军政，从一品的封疆大吏；
而漕运总督和河道总督，只加“都察院右都御史”衔，从一品；
乾隆后期以后，河道总督也和各省巡抚一样，是“兵部侍郎兼右副都御史”衔，正二品。
名义上，清朝各个总督当然是平级的，但实际上自有高下之分。 一般来说，都公推直隶总督居首、两江总督次之。
两广总督、闽浙总督管辖地方富庶，沿海通商，同样是热门的要职。
内陆地区的各大总督中，云贵总督因为清朝云南铜矿大规模开采的缘故，也是油水多的好缺。
张之洞因为是慈禧宠臣、钦点探花，又大力推行洋务运动，他的湖广总督也当得风生水起。
只有陕甘总督，地广人稀，常年战乱，一直算是油水最少的。
而东三省总督是清末才设立的，当时东北地区已沦为半殖民地，那里各项土地财限，早都被日本和沙俄分得七七八八了，清朝的总督和巡抚衙门，也就相当于地方维持会长。
清朝的两江总督，通常被认为是仅次于直隶总督，坐稳疆臣第二把交椅的要员。
清朝的两江，即江南和江西的合称，康熙年间，原江南省被拆分为江苏和安徽省，到了现代，江苏省又分出了上海直辖市。所以两江，就是今天的江苏、江西、安徽和上海市这三省一市之地。
坐镇江宁（南京）的两江总督，理论上管辖江苏、江西、安徽三个省的军政大权， 但不同于其他总督，两江官制经过一番别出心裁的设置，彼此互相牵制和制衡。要作为总督的官员个人有足够能力和威望，才真正抓得住权。
如湖北巡抚和湖广总督的驻地都在武昌，广东巡抚和两广总督的驻地都在广州，云南巡抚和云贵总督的驻地都在昆明，正所谓“督抚同城”，实际上这种和总督同城的巡抚，施政相当程度上被总督节制，都可算是总督的直接下属。
而江苏巡抚驻地却在苏州，并不受驻江宁（南京）的两江总督管辖，直接掌控苏南各府军政大权。 所以若是皇帝更宠信的苏抚，完全可以不理会江宁的总督。而天高地远的安徽巡抚、江西巡抚更不用说，两江总督对他们的节制，也就是个名义。
甚至管理江苏、安徽两省绿营兵的江南提督，也并不驻节江宁，而在松江府，同样与其他各省提督驻节省城，受督抚节制大不相同。
所以若是皇帝宠臣担任的两江总督，本身又有能力与威望，方可以名副其实压制三省巡抚与江南提督，成为军民兼管的三省之主，如镇压太平天国运动时期的曾国藩，否则就仅仅是个政令只行于苏北、苏中各府与江宁一城的地方民政官罢了。
清代二百余年，最有名的两江总督，莫过于曾国藩。他刚刚镇压太平天国之后，封“两江总督，并以钦差大臣奉旨督办四省（苏、皖、浙、赣）军务，其巡抚、提镇以下悉归节制” ，有二十万湘军为辅翼，真正在苏、皖、浙、赣四省说一不二的藩镇，几类于裂土封王了。 并获得世袭罔替的一等侯爵位，并加首席大学士头衔，被称为元辅，虽然他的本官还是两江总督，却已是无可争议的当朝第一大臣，远非其他任何总督、朝官可比。
只是曾国藩年事已高，加上嫡系子孙也无帝王才，长子曾纪泽本是一介书生，即使起事成功，也不过是给自己的弟弟曾国荃，或者是李鸿章作嫁衣，才宁可自减羽翼，裁撤湘军，效忠清朝到底，以全一时令名。
岂料还是终究难得满清皇室信任，被慈禧巧借天津教案，轻轻松松毁其一世英名，沦为举国皆唾骂之“汉奸”。
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