总督制度创始于明代，完善成型于清代。是明清时期中国最高级别的地方军政官员，辖区都在一个省以上。总督品级与殿阁大学士、军机大臣相等，位高权重，世人称之为“封疆大吏”、“一镇诸侯”。
直隶总督
辖区主要为直隶省(今河北省大部及天津)、北京等地。直隶省不设巡抚，直隶总督同时管理军务和民政，并管理辖区内的河道和海运。是清朝仅有的两个专管一省的总督，也是地位最重要的总督。同治九年(公元1870年)，直隶总督兼任北洋通商大臣。洋务运动之后，直隶总督更是“位同宰辅”，著名的北洋水师和北洋新军都受其指挥。
两广总督
辖区为广东(含今海南省)、广西两省。主管军务、粮饷，并负责对外贸易。广州十三行就由其管理，著名的虎门销烟也是在两广总督的命令下进行的。光绪三十一年(公元1905年)，广东巡抚被撤销，两广总督兼管巡抚事务。
两江总督
辖区为江苏(含上海)、安徽和江西等三省。江苏和安徽曾合称为江南省，故称两江总督。主管军务、粮饷。南河总督撤消后，管理长江下游的河道。因其管辖中国经济最发达的地区，故而有“天下第一肥缺”之称。同治十二年(公元1873年)，两江总督兼任南洋通商大臣，著名的江南制造总局也由其管理。
闽浙总督
辖区最早为福建(含台湾)、浙江两省，台湾建省后也在其辖区之内。主管军务、粮饷。光绪十一年(公元1885年)，台湾建省，原福建巡抚改任台湾巡抚，福建巡抚职位被撤销。事务由闽浙总督兼管，著名的福州船政局也由其管理。
湖广总督
辖区为湖北、湖南两省。因在明朝，两湖合称“湖广省”，故称湖广总督。主管军务、粮饷。光绪三十年(公元1904年)，湖北巡抚被撤销，事务由湖广总督兼管。著名的汉阳铁厂就在湖广总督的管理之下。
云贵总督
辖区为云南、贵州两省。主管军务、粮饷。云贵总督虽然地处偏远，但无论是清初的洪承畴，康乾时期的鄂尔泰、阿桂、福康安，还是清末的林则徐、岑春煊，都是影响巨大的一代名臣。光绪三十一年(公元1905年)，撤销云南巡抚，云贵总督兼管巡抚事务。
陕甘总督
辖区主要为陕西、甘肃，但今天的新疆、宁夏的大部分事务也由其负责，是清朝辖区最大的总督。主管军务、粮饷，并管理整个中国西北地区的“茶马”贸易。乾隆十九年(公元1754年)，甘肃巡抚被撤销，由陕甘总督兼任甘肃巡抚。
四川总督
辖区为四川省，是清朝仅有的两个专管一省的总督。在顺治年间四川一省却有总督、巡抚各一人，后来撤销总督。乾隆十三年(公元1748年)，乾隆帝恢复四川总督，并兼任四川巡抚。四川总督统管四川全省的军务和民政，并管理茶马古道贸易，清朝驻藏大臣也受其有密切联系。
东河总督
又称东河河道总督、河道总督。主要负责河南、山东及附近地区的水路运输、河道疏浚、水利提防等等事务，并且还承担部分军事职责。光绪二十八年(公元1902年)，东河总督被撤销，所属事务由河南巡抚和山东巡抚负责。
漕运总督
主要是管理京杭大运河，控制明清两朝的经济大动脉。在明代和清初，还兼任庐凤巡抚，下辖四府三州。咸丰十年(公元1860年)，漕运总督节制江北诸镇、道。南河总督撤消后，全国大半的水运都由其管理。各省的粮道也由其管理，是明清两朝的最富庶的总督之一。
随着西方入侵与近代工业技术进入中国，海运与铁路逐渐成为交通运输的主要方式，京杭大运河的地位一落千丈。漕运总督自然也是一损俱损，重要性大不如前。光绪三十年(公元1904年)，清朝以无漕可运为由，改漕运总督为江淮巡抚。光绪三十一年(公元1905年)，将江淮巡抚撤销，其事务由两江总督负责。
东三省总督
光绪三十二年(公元1906年)，清朝下令撤销原东北三将军，其辖区改为东北三省。东北三省之上，设立东三省总督。主管军务、粮饷，黑龙江、吉林两省的民政也由东三省总督兼管。奉天省(今辽宁)设巡抚，主管该省民政。宣统二年(公元1910年)，撤销奉天巡抚，事务由东三省总督兼管。
南河总督
又称江南河道总督。主要负责黄河、长江、淮河等河流中下游的水路运输、河道疏浚、水利提防等等事务。驻地在清江浦(今江苏省淮安市)。咸丰八年(公元1803年)，清朝撤销南河总督。所属事务由漕运总督和两江总督负责。
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