努尔哈赤在统一女真各部的战争中，取得节节胜利。随着势力扩大，人口增多，他于明朝万历二十九年(1601)建立黄、白、红、蓝四旗，称为正黄、正白、正红、正蓝，旗皆纯色。四十三年，努尔哈赤为适应满族社会发展的需要，在原有牛录制的基础上，创建了八旗制度，即在原有的四旗之外，增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗(镶，俗写亦作厢)。旗帜除四整色旗外，黄、白、蓝均镶以红，红镶以白。把后金管辖下的所有人都编在旗内。其制规定：每300人为1牛录，设牛录额真1人;5 牛录为1甲喇，设甲喇额真1人;5甲喇为1固山，设固山额真1人。据史籍记载，当时编有满洲牛录308个，蒙古牛录76个，汉军牛录16个，共400个。此时所编设的八旗，即后来的满洲八旗。清太宗时，又建立蒙古八旗和汉军八旗，旗制与满洲八旗同。八旗由皇帝、诸王、贝勒控制，旗制终清未改。初建时，不但在军事上发挥重要作用，而且具有行政和生产职能。清朝统一，太宗皇太极为加强对旗人的束缚，增强了八旗制的军事职能，并为扩大军事实力和笼络人心，又建立了汉军八旗和蒙古八旗。各旗有军营、前锋营、骁骑营、健锐营和步军营等常规伍，司禁卫，云梯和布阵等职。另外，设立了相礼营、虎枪营、火器营和神机营等特殊营伍，演习摔跤、射箭、刺虎和操练检枪等。由于清初诸帝很重视枪炮武功等实战本领，八旗军在平定三藩，收台湾各抵御沙俄侵略等战斗中都取得了辉煌战绩。八旗兵分为京营和驻防两类。京营是守卫京师的八旗军的总称，由朗卫和兵卫组成。侍卫皇室的人。称朗卫，且必须是出身镶黄、正黄和正白上三旗的旗人，如紫禁城内午门、东西华门、神武门等由上三旗守卫。
八旗组织中蒙古旗与汉军旗的建立比满洲旗稍晚。清太宗皇太极天聪三年(1629)时，已有蒙古二旗的记载，称为左右二营。八年改称左翼兵和右翼兵。九年，后金在征服察哈尔蒙古后，对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审，正式编为蒙古八旗，旗制与满洲八旗同。汉军单独编为一旗，据考证是在天聪五年正月(一说天聪七年)。皇太极崇德二年(1637)分汉军为二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵为四旗，七年正式编为汉军八旗，旗色与满洲八旗同。从明万历四十三年八旗制度建立，直到清崇德七年才完成八旗组织三个部分二十四旗的组织建设，八旗每一旗下都包括满洲、蒙古、汉军三个部分。
八旗又有上三旗与下五旗的区别。顺治七年(1650)底多尔衮死后，清世祖福临为了加强对八旗的控制，对八旗的顺序进行了调整。由皇帝控制的镶黄、正黄、正白三旗，称为上三旗;由诸王、贝勒统辖的正红、镶红、正蓝、镶蓝、镶白五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领(俗称外佐领)和府属佐领(俗称内佐领)的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼;正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。
八旗制度是在“归附日众，牛录激增”的条件下创立的，这时的努尔哈赤已从人丁数十的小部酋长，经过三十余年的南征北战，“招徕各部，环满洲而居者，皆为削平，国势日盛”，成为辖地千余里，统兵数万的女真国汗了，但这距离实现统一女真各部的要求还相去甚远，为了使更多的女真乃至蒙古酋长“率部来归”，努尔哈赤仍采取 “恩威并行，顺者以德服，逆者以兵临”的方针，招抚和征讨并用，巩固现存的实力，恩养降服归顺的人员，对拒不投降的部落，努尔哈赤则遣军征剿，胁迫其归顺。
无论是对主动归顺的人员，还是被迫降顺的敌兵，努尔哈赤都予以“编户”，将其分别编在各个牛录里，不贬为奴隶，原来是首领的仍授予官职，将其属下编在其所统辖的牛录。对于主动来归的人，努尔哈赤更是从优奖赐。如东海湖尔哈部女真部长纳喀达率属下百余户来归，努尔哈赤特别派遣二百人前往迎接，设大宴，厚赐财物。每当攻取一个部落之后，即将其“属下人分隶八旗”，允其本人或子弟统领牛录，带兵打仗，并可因功封授官职。努尔哈赤即使对于长期与自己为敌的部落酋长、将官也抚恤恩养，即使对与建州矛盾最深的叶赫部，努尔哈赤在天命四年 (公元1619年) 八月灭叶赫后，除斩杀了金台石和布扬古两个主要贝勒之外，对其他的贝勒、台吉等均赦免其罪。“叶赫国中，无论善恶，皆全户不动，不使父子兄弟拆散，不使亲戚分离，俱尽数迁移而来。不淫妇女，不夺男子所执弓箭，各家财物皆由原主收取。”
对于八旗制度这一新鲜事物，最初女真人也不能自然接受。由于女真散处于吉林、辽宁、黑龙江各地，习俗各异，制度不一，各自为政，有的部落沿江而居，靠打鱼捞珠为生，对源自于围猎活动而形成的牛录制并不熟悉，不能理解根据牛录制改进而成的八旗制;而有的女真人则居室耕田，“饮食服用，皆如华人”，他们基本不使用牛录这种以村寨为基础拼编在一起的临时性武装组织，对八旗制度的优越性更不甚了解;即便是依山靠林而居，以狩猎捕貂维持生计的女真人，也习惯于出猎时临时组合而成，兵猎完毕随即解散的组织形式。对众多普通女真人而言，要从过去不受任何组织的约束，过渡到由下至上逐级受到“牛录额真”、“甲喇额真”和“固山额真”直至旗主贝勒的管辖，并不是一朝一夕能够接受的，加之八旗制度还在健全和完善之中，这时的满族民众对八旗制度的态度处于服从阶段，即主观并没有自觉接受八旗制度的动机，从认识和情感上对八旗制度也没有太大兴趣。女真各部固有的习惯、认识和需要与八旗制度的目标、纪律还存在矛盾与冲突。同时，被编入八旗后女真民众担负着比以往更为繁重的差徭，如国家修筑城堡、种植粮谷、制备舟车，都要按旗佥派牛录人丁担任。《满文老档》记载了当时对抽派人丁的规定，“因若取谷于部众，将苦累部众，乃令出一牛录之十丁四牛于公，于闲地耕田，多获谷物，充实仓库，委任十六大臣、八巴克什掌管库谷之官登记收支。” 这都是令女真、蒙古民众对入编八旗持消极态度的因素。
因此，尽管努尔哈赤大力招抚善待来归之众，还会出现隐匿丁口脱漏不报，甚至离旗外逃的现象，这说明无论是自愿归顺还是战败降顺而被编入八旗的各部落贝勒、台吉、诸申，多少都带有为生存所迫和慑于八旗强大军事攻势的色彩。族源相同的女真各部尚且如此，蒙古较早编入八旗的科尔沁部同样是在被八旗战败之后，才被动接受八旗制度的，他们对八旗制度的态度也含有较多的服从成分。如后来被编入满洲正黄旗的科尔泌左翼明安贝勒曾经参与九部联军攻打建州的战争，被八旗军队打败，始与建州建立友好往来。万历四十年(公元1612 年)“太祖闻其女颇有丰姿，遣使欲娶之，明安贝勒遂绝先许之婿，送其女来，太祖以礼亲迎，大宴成婚”。万历四十二年(公元1614 年)明安兄也将其女送与皇太极成婚。万历四十三年(公元1615 年) 明安弟又将其女送与努尔哈赤成婚。从此，开创了女真与科尔沁部联姻的局面。科尔沁右翼中旗首领鄂巴台吉经历了多次与努尔哈赤的战争，也逐步认识到八旗军队的强大，为了共同对付察哈尔蒙古林丹汗，于天命九年(公元1624 年)接受努尔哈赤授予的土谢图�狗夂藕痛罅可痛停⑷⑴嗟闹端锱�(努尔哈赤弟舒尔哈赤之孙女) 敦哲为妻。这些蒙古王公贝勒虽被编入满洲八旗，他们对八旗的态度仍然是想借助八旗的力量保存自己的实力，暂时与强手联合，企图东山再起。
服从态度不仅仅存在于八旗创建初期，就是八旗制度已经相当完备的时期，缘于对八旗制度缺乏充分的认识，新编入八旗的人员也有这个过程，其中包括皇太极执政时新编的蒙古八旗和汉军八旗。当然，服从阶段并非每个八旗成员都必然经历的阶段，也有些旗人从加入旗籍之始就特别认同八旗制度的，还有先认同后来又否定的现象。
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