对于秦始皇臭名昭著的“焚书坑儒”事件，学术界一直有不同意见。主流的意见认为，秦始皇坑的是儒生，但也有人认为，秦始皇并未坑儒，他坑的是一些江湖术士。那么，秦始皇坑的到底是些什么人呢?
秦始皇建政，视天下为刍狗，荒淫暴虐，民不聊生。特别是“焚书”事件，引起了读书人的强烈不满。有两个儒生，一个姓侯，一个姓卢，《史记》称之为侯生、卢生。这两个人私下议论说：“始皇为人，天性刚戾自用，灭诸侯，并天下，意得欲从，于是便自以为自古以来的圣贤谁也比不上他。他高高在上，听不到批评之声，日益骄横；官员们为了讨好他，只能战战兢兢地说谎欺瞒。法律规定，方士之术不灵就要被处死。如今方士三百人，都是因为畏惧而献谀，谁也不敢指出始皇之过，天下之事无论大小皆取决于皇帝，他竟以秤来称量大臣们的上疏，大臣们呈上的疏奏（竹简）每天不足一百二十斤，谁也不能休息。像这样贪揽权势的人，我们不能为他求长生不死之药。”
于是，二人相约而逃。
秦始皇听说侯生和卢生逃跑了，勃然大怒，说：“我对待卢生这些人不薄，赏赐甚厚，而他们居然在背后诽谤我，说我缺德。我曾派人去问这些在咸阳的儒生，有人告诉我，他们中有人妖言惑众，扰乱老百姓的思想。”于是，始皇命有关部门逮捕了一些散布“妖言”的读书人。这些人在严刑拷打之下，互相检举揭发，共“咬”出了四百六十多个诽谤过秦始皇的儒生。秦始皇一声令下，这四百六十多个儒生遂被活埋于咸阳。这就是发生于公元前212年的“坑儒”事件。
侯生与卢生本是受秦始皇之命寻仙求药的方术之士，还不能算是纯粹的儒生。他们的逃跑，可能是怕自己找不到仙药被追究，而他们评论秦始皇的话，却无不中的。嬴政由他二人的逃跑，而迁怒于咸阳的读书人，竟一口气活埋了四百六十多人。
关于坑儒之事还有一说：由于秦始皇把文字统一为大篆和隶字，“国人多诽谤怨恨”，秦始皇怕天下不从，于是广召儒士书生到咸阳，共召到七百余人，全拜之为郎官。然后，秦始皇密令亲信在骊山硎谷的温暖向阳之处种瓜，等瓜成熟后，正值冬天，乃使人上奏
慰平生兮吾将醉;吾将醉兮发狂吟!
：“骊山竟然冬天长出瓜来了！”秦始皇令诸生前去察看，诸生到谷中之后，正在辩论不已，忽然上面土石俱下，遂皆被压死。骊山硎谷后来又叫“坑儒谷”，在汉代，这里叫“愍儒乡”。有人考证，坑儒谷在今陕西省临潼西南部五里处，是一个狭长幽深的山谷，实地很符合这个记载。
也有人认为，秦始皇骊山坑儒一事，其实就是咸阳坑儒的误记。因为“骊山坑儒”说仅见于东汉初年卫宏作的《诏定古文尚书序》，而且也没有注明出处。其余古籍，均无此记载。
但是，卫宏是汉光武帝时的著名学者，是治学严谨的史学家、训诂学家。他在这篇序言中披露此事，以他的治学态度，应该不是信口开河。况且，《史记》记载的秦始皇咸阳坑儒与卫宏所记骊山坑儒在地点、人数、坑埋方式上都不同。如此说来，秦始皇之坑儒，至少有两次。
至于“坑儒”一词，则出现在西汉初年的典籍中，此时距秦始皇死后已经一百多年。
西汉始元六年（前81年），桑弘羊在著名的盐铁会议上舌战群儒，道：“诸生赅茸无行，多言而不用，情貌不相副。若穿逾之盗，自古而患之。是孔丘斥逐于鲁君，曾不用于世也。何者?以其首摄多端，迂时而不要也。故秦王燔去其术而不行，坑之渭中而不用。”
在桑弘羊的眼里，儒生们只知夸夸其谈而不切实际，表里不一，就像那些鸡鸣狗盗之徒一样，自古以来就是祸害。因此鲁国国君将孔丘驱逐，弃之不用，就因为他首鼠两端，貌似圆滑其实迂腐，并没有切合实际的主张。所以秦始皇才烧掉儒生们的著作而使
出人头地建奇功
其言论不得传播，宁愿将他们活埋也不任用。之后，刘向在《战国策序录》中明确说明秦始皇“坑杀儒士”。
出现于魏晋时期的伪《古文尚书》有篇“孔安国序”，序中说：“及秦始皇，灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散。”这大概是“焚书坑儒”一词的最早出处。
正因为“坑儒”一说最早出现在西汉时期，所以许多人便替秦始皇翻案。如章太炎、顾颉刚等人，认为秦始皇并没有坑过儒，他坑的其实是“方士”。
司马迁在《史记?儒林列传》中的确说秦始皇“焚诗书，坑术士”，而且还透露诽谤秦始皇的侯生与卢生并非儒士，而是两个专门替秦始皇寻找长生不老药的“方士”。况且，“坑儒”是秦始皇去世一百多后才出现的说法，于是有人说“坑儒”应是西汉文人出于对秦始皇暴政的愤怒而强加给他的不实之词。
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