东汉末年，中国经学在继承了东汉贾马学术发展后，又有所发展。
三国时期影响最深的是司马徽、郑玄、宋忠三位儒学大师。三国时代很多著名历史人物都与他们有密切联系，三儒都是汉末人，司马徽字德操，颍川人，汉末著名学者，长期居住在荆州讲学，曹操攻占荆州后不知所终，一说不久病死，他的学说继承贾马，没有流传相关著作，学术只能通过受他影响门人著作流传。
郑玄字康成，曾师从马融、
赤壁遗雄烈，青年有俊声。弦歌知雅意，杯酒谢良朋，曾谒三千斛，常驱十万兵。巴丘终命处，凭吊欲伤情。
张恭祖等，后来自立学派，党锢时期学术被官方禁锢，在北方的士大夫中有广泛影响。建安中任大司农，他的学术系统在曹魏建立后被尊为官方哲学。宋忠字仲子，同司马徽在荆州避难讲学，后来归中原，其子参与反对曹氏被杀。宋忠的学术主要通过学生王肃等人建立的经学体系流传。在学术上司马徽和宋忠的学术体系是延续贾马经学，两人的学术思想也相近，郑玄是综合汉代经学各系统，是经学的总结性学术。郑玄受两汉经院学派学术影响，广博但是繁杂；司马徽和宋忠是继承了贾马时代以研究古文经学的发展，马融注解群经，贾逵把《左传》提升到博士学地位，都为以古文《左传》等为基础的古文经学打下基础。郑玄仅仅在古文学上师从贾马，总体经学上依然照搬汉时经学。司马徽和宋忠则是代表了东汉开始以古文经学为继承，是进步经学的发展倡导者。钟繇曾风趣地评价古文经学的《左传》是太官，《公羊》是卖饼家，以此可以看出古文经学《左传》，与汉朝的官方经学比较的差距。
郑玄的学说在曹魏成为官方的哲学思想，也是体现了曹魏兼用汉朝经学与近代经学的暂时妥协，但是以继承贾马古文经学为基础的进步士族多数都是依然使用、奉行司马徽和宋忠的哲学思想，正逐步取代过去的汉朝经学，一个全新的时代就是从进步的新的思想体系开始，三国时代古文经学取代汉朝经学的过程就是国家统一的全程，晋朝代魏的禅让典礼的郑冲，是官方郑玄经学的代表者，王肃代表宋忠学术，贾马经学的继承者，司马昭是他的女婿，也是宋忠经学的推崇者。
蜀国和吴国中代表仁义进步力量的也多数都是司马徽、宋忠学术的推崇者，蜀国的蒋琬用《左传》晋文公的言行劝解诸葛亮杀马谡，诸葛亮虽然曾受学司马徽，但是也偏重刑法，杀马谡，罢黜向朗，可是从他哭着杀马谡，流涕回答蒋琬看，也是受了压力被迫的，内心是矛盾和痛苦的。蜀国民主、仁义思想的政治家向朗也是司马徽的学生，主张仁义的马谡兄弟被他赞许、支持。他和弟弟向宠、向充都是忠义、明智的人才，向宠为国尽忠，向充力主为诸葛亮祭祀，在吴国的太常潘?，是宋忠的学生，是蒋琬的亲戚，孙权占领荆州，所有人都投降了，只有他不降。在曹魏政权中，也是司马徽、宋忠的弟子还有些仁义、民主观，也都是忠义之士。曹魏执政时的魏讽事件，司马徽的弟子刘?弟弟参与这次反曹事件被杀，同样信奉古文经学的相国钟繇被罢免，宋忠的儿子也在这次事件中被杀，这是曹魏集团打击古文经学这一思想体系成员的行动，也是为了他们的政治集团利益。
曹魏集团要推行郑玄的哲学，法律也都按照郑玄的注解执行，甚至连曹魏的祖先也按照郑玄理论，确认为是舜帝，与曹氏自己的意愿不同。郑玄的经学在复古和执政理念上沿袭汉朝经学，在历史观上又受古文经学的影响，与进步的古文经学贾马理论一脉相承，因此这派学者与信奉司马徽、宋忠哲学思想的士族也有共同点，这也是后来两派能联合的基础，?丘俭叛乱，信仰古文经学的司马师，能与郑玄学说的拥护者郑袤共论时事，司马昭能重用信仰郑玄理论的王基，晋朝重用郑冲。
但是古文经学的发展是呈现上升趋势的，而郑玄理论中的汉时经学很多已经处于落后和腐朽地位，也丧失了民本主义，失去了客观性。曹髦在太学谈论经学时，对“稽古同天”的解释，王肃主张总结历史经验，郑玄主张与天同，曹髦曲解孔子，要为天规则，王肃是强调“稽古”，回避了“天”，这是古文经学现实主义的进步；郑玄强调“同
尝思鹪鹩尚存一枝，狡兔犹藏三窟，何况人乎 ----罗贯中
天”，回避了“古”，这是汉时经学强调君权天授，谶纬盛行的反映；曹髦不看孔子说尧效仿天，强调为天定规则，也难怪他自己写自己出生时的祥瑞，这是利用天命。相比只有王肃的观点还有些进步性。司马徽和宋忠的哲学思想，是延续贾马的古文经学，《左传》提倡的五霸辅佐天子和民本君轻的观点，对曹魏专权有用，但是其宣传的忠诚、道德、仁义的内容又与曹魏代汉矛盾，这也是郑玄的理论成为曹魏官方哲学，也是曹魏利用图谶建国也没能统一的原因。
在当时进步的古文经学已经成为士族的主导思想，有唯物主义倾向，体现在政治用人上，废黜豪强垄断选举，提倡由主要是知识界的士族选举，施行九品扩大士族的影响力。在三国时代各国学术中，贾马古文经学和司马徽、宋忠的学说虽然也带有些图谶的影子，但是主体已经是国家百姓为主，建设、执政的仁义、道德方面。蜀吴建立没有用图谶，晋朝建立也是宣传天神说天下80，两年多后才把司马懿时期凉州拥护者制造的图谶拿出用了。
与众多的历史君主比晋武帝是极个别没有被神话的君主，陈寿写《三国志》也不神话君主，体现当时学术的客观性。晋朝建立后，官方宣布禁止了图谶学，汉时经学与神学合二为一的弊端被废除，经学也不再受官方完全地操控，体现在可以私人修史、注经。
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