清朝初期，因为的经过战争，国家百废待兴，在对外政策上采取温和的外交政策，满清和蒙古关系还算可以，随着清朝国力的逐渐恢复，对自己统治的稳固愈加重视，就需要消灭一些对自己统治可能有威胁的势力，蒙古首当其冲。蒙古一直以来就是一个很厉害的角色，大家看看成家思汗就知道了，铁骑远征欧洲，威名赫赫，如果蒙古要造反的话，满清不一定能挡得住。
自建国起，满清以史为鉴，大喊满蒙一家口号分化汉族和蒙古族。实行满蒙结盟，乃是整个清代的国策，清廷根据蒙古封建主原来地位的高低和对其效忠的程度、功劳大小，分别授予亲王、郡王、贝勒、贝子、台吉等各种爵位，使他们享有各种政治和经济特权。1648年(顺治五年)又规定，蒙古王、贝勒、贝子每年春节来京朝觐，称为年班。是清朝统治者为蒙古王公们所安排的礼遇，也是进一步笼络、争取、感化他们的特定的措施和政策。此外，政府每年要拨出大量银两、缎匹，以及俸禄等形式，赏赐蒙古贵族。清朝统治者还通过满蒙亲贵世代互通婚姻的办法，紧密双方的关系。
看起来，满清朝廷非常优待蒙古，但实际上满清在一方面笼络蒙古贵族的同时，另一方面让大量的蒙古牧民如同羔羊一样软禁在羊圈里，同时用喇嘛教让蒙古人变成寄生人口。这到底是怎么一回事?
事实上，满清对蒙古的控制是非常严厉的。在康熙以后，几乎每年都有大批内地民户流迁到关外东北、口外蒙古以及新疆等地。对于内地民户，清朝政府都用设置府州县厅的办法，与蒙古等盟旗制度，分别进行治理。清廷的此种做法，根本意图还是想要严格区别移居汉民和原住民族，隔绝各民族之间的交往，不致互为影响。并且规定蒙古人到内地只能从山海关、喜峰口、古北口、独石口、张家口、杀虎口六处入关。入关时登记人数，出关时仍照原数放出，而且除以上六个关口外，不得从其他关口出入。
同时，禁止蒙古人学习和接触汉文化。嘉庆二十年谕：近年蒙古渐染汉民恶习，竟有建造房屋演听戏曲等事，此已失其旧俗，兹又习邪教，尤属非是，著交理藩院通饬内外札萨克部落，各将所属蒙古等妥善管束。道光十六年规定，嗣后蒙古人，只准以满洲蒙古字义命名，不准取用汉人字义。十九年又规定，蒙古王公台吉等不准延请内地书吏教读(学汉文)或充书吏，违者治罪。其公文呈词，也不得擅用汉文。而且还禁止内地人出关种地和经商，内地出关经商者必须持有理藩院发的票证，而且限定一年期限，不准滞留各部娶妻生产，不准取蒙古名字等等。其目的在于强化封建统治，防止蒙、汉人民联合反抗。
满清通过这些严格的法律来隔离蒙古与内地汉族地区的交往，严格的游牧界限强化了草原民族的生态封闭性，而这一点恰恰与游牧社会的生产力要求不相符合，从而使蒙古人民无法获得汉族先进的生产技术和生产工具，始终处于游牧的地位，三百年不能进一步的发展。
但最狠的还并不是限制了蒙古族的文化和经济发展，而是通过在蒙古地区大力提倡喇嘛教，以宗教之名对蒙古实行一场长期的计划生育。在清朝三百年中，朝廷规定一户蒙古人如有三到五个男子，就必须有二到三个出家当喇嘛。而喇嘛是不能娶妻的，长此以往，人口必然下降。
蒙古本有一千二百万人。在满清长期统治之后，减少至一百多万人，减少了近九成。这都是清政府对蒙古实行一系列政策造成的影响。
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