慈禧和慈安都是咸丰的妃子，而慈安是皇后，慈禧是太子的母亲。咸丰死后，她们俩都被尊为皇太后。慈禧为西太后，慈安 为东太后，她们俩是咸丰的正室与侧室的关系。
一段清末史，留下了“两宫太后”之间诸多的疑案。由于最终清末政坛“女主”慈禧当权，西太后慈禧和正宫太后慈安的关系，便被前者捣成了一潭浑水，使后人难于从中看出真相。在这段其实清晰而被捣成的“浑水”中，后人至少可以得出两个结论：一，忘记这段两宫太后关系史，不论过程是非，只论结果成败，是捣成“浑水”者慈禧的主旨;二，是慈禧，才在这段历史的浑水中摸到了鱼。尤其是，在时人笔记对慈安“长厚”、“温和”的赞美词中，另一拨人透过这种赞美看到了人性的劣根，便是对“摸鱼”者的妒忌。这更使得这段“水”愈发浑浊而“深如海”了。
史笔关于慈禧与正宫慈安的第一次矛盾冲突记载，是“兰贵人”(后来慈禧)入宫得宠之际。有一段时间，咸丰皇帝表现得像《长恨歌》所谓那样：春宵苦短日高起，从此君王不早朝。皇宫“祖宗之法”规定，但凡皇帝每夜“临幸”某妃，都由太监将名册一式二份，一式由内监“敬事房”收录，一式交于正宫皇后。皇帝也难。皇帝不上朝的消息经由太监传到了正宫慈安耳中，慈安便手持“祖训”前往干预。待咸丰皇帝前脚走，慈安便把“兰贵人”唤至皇后行使权力的坤宁宫，命令哭哭啼啼的“兰贵人”下跪，宣示她不守“妇道”。正欲家法从事，人走心在的咸丰皇帝匆匆走了进来，大呼“请皇后免责，兰儿已有娠矣”。慈安听到此言，连忙下座说：“帝胡不早言，吾之杖伊，遵祖制也，受杖堕娠，失祖训矣。皇上春秋虽盛，储宫未备，吾安可守一训，而失列祖列宗之遗意哉?”(引自许指严《十叶野闻》)皇上造人计划，关乎国运千秋大业，朝政此时彼时，何足道哉?
史笔明确记载的“两宫”第二次冲突，发生在光绪六年(1880年)的咸丰皇帝东陵祭祀仪式上。中国人都知道，祭祀仪式都有一定的规矩。在那个时代，尤其对于皇家来说，它几乎超越了“国法”。咸丰皇帝死前，西宫太后慈禧不过是“懿贵妃”，咸丰死后才升为“西太后”。就是说，如果此时咸丰皇帝九泉下有知，他还不认识这个“西太后”呢。祭祀开始，慈安坚持按咸丰帝生前规矩，慈安居前，旁边空位留给先于咸丰帝死去的那位“正后”，而慈禧稍居下位。对此，慈禧据理力争，两宫太后并坐“垂帘”已久，还提这种陈芝麻烂谷子的所谓规矩，是对现实西太后的侮辱，叫她何能“母仪天下”?最终仪式依就了慈禧意愿。史笔记载，这次在皇家祭祀公开场合中的争执，使得西后对正宫东太后尤为“衔恨”。
两宫的第三次争执，要算因刚得宠的李莲英而引起。史述清末李莲英小心谨慎、低调做人、左右逢源，但早期的他并非如此。某日慈安坐轿经过宫中某殿，李莲英正与某小太监玩掼跤比赛。深知“两宫”权力高低的李莲英对东宫慈安的轿子视而不见，仍然挡于道中玩兴正浓。在慈安的呼斥下，李莲英才退于路边跪下，一脸满不在乎的样子。史笔说，慈安欲对李莲英行使“杖责”，竟有后宫中人为其“缓颊”说情。看来，西宫慈禧能力和权力大于正宫慈安，已是后宫之中为人所共知的事实，不是慈安遗留的正宫地位所能决定的。史笔甚至评论，就连恭亲王，也由于知道慈禧与慈安有矛盾，不敢效忠于慈安，而是恭顺于慈禧。可见慈禧当时的霸权人气。气呼呼的慈安改道去见慈禧，说：尽管李莲英有一点才能，也不过是一太监，应受祖训限制，对两宫太后一律敬畏，你怎么可以放任他，让他只知有西宫、不知有东宫?慈禧反诘说：李莲英不过是一个奴才罢了，太后要杖他杀他，就像对待一只猪一只羊，我怎么可以庇护?对他要怎么样就怎么样，何必来责备我?慈禧很会说理。
史笔所载的两宫太后第四次冲突，更具诡秘性，与它连在一起的，是慈安“暴卒”。由于它涉及数千年中国主流文化发展成为的“道德”大是大非问题，历来道仕们宁愿披之以“衣冠”而成为道貌岸然，而掩之以道祖所言“食色性也”，它掩盖了真本人性而成为“伪道”。处于主流道德说教下的慈禧，也不能不对她27岁开始寡居的人性欲望讳莫如深。这种讳莫如深，只在语言上而非在具体行动上——这是分裂式的行为按本性而语言按“道德”的历史现象。
史册记载清楚，慈安暴死那年1881年，慈禧正生了一场持续很长一段时日的大病。当“暴死”这个消息刚传出，清廷军机处和总理衙门的那些官宦们还以为慈禧死了呢。原来，慈禧在生病之际，“垂帘听政”便由慈安一人独当。慈安见识自在慈禧之下，凡对主政的恭亲王有不放心的疑难问题，慈安便“就商”于病榻之上的慈禧。某日清早，慈安又带着这种疑难问题去请教慈禧。由于时间尚早，外间太监未及通报，慈安进入，摇手示意宫女不要声张。及至慈安踏入正殿，便闻到一股血腥味，步入寝室，只见慈禧横卧榻上，边上有一男子正为她抚背捶腰。
关于这次慈禧生病，由于“正史”无确切记载，史述有很多争议，有说正常生病，有说小产。至于“小产”的作俑者，史述也有争议，有说戏子伶人，有说清末重臣荣禄。这些各自言之凿凿的“公婆说理”，使这种本来符合真性情、薄如窗纸的史实，成为了“浑水”，成为了“深如海”。不过，那位八国联军后进入皇宫、受过西式教育而思想比较开明、深得慈禧太后宠爱的“德龄公主”，从晚年慈禧对荣禄的情感不经意表露中，得出了一个结论：她比较倾信于那个男子是荣禄(有近代史学者从荣禄的升迁中寻找蛛丝马迹)。当然，有感情和实际行为可能不在同一人，也难说。
史传就在这次慈安发现之际，慈禧向正宫娘娘大谈数十年姊妹情，大谈两人做女人难、做寡居女人更难、做寡居皇太后难上加难的苦难历程，说得慈安眼泪稀里哗啦，把咸丰帝临终那份处置“懿贵妃”的手书出示给了“知错能改”的慈禧。
在正史中，尽管女主慈禧一再表白她与慈安的姊妹情，就像她一再表白对光绪皇帝“爱之如子”、“如同己出”一样，但是，说话的渺小性其实完全包裹不了行为的巨大性。历史可以证明，只有别有居心者和愚昧糊涂虫才会用说话来证明行为而非用行为来证明说话。慈禧后来用自己的行为，证明了她与生前慈安之间的关系。
史笔记载，在慈安死后的某周年祭祀中，慈禧太后死活不肯对着逝者慈安的灵位下跪。在主持祭祀仪式的礼部官员“死谏”下，慈禧才“母仪天下”地跪了下去。对此，现代的后人们也许倒真的不该责备慈禧太后了，因为，这才是她率真个性的真情表达。
慈禧一生善于制造悬念与悬案，她自己病重而别人“暴卒”的相似一幕还出现在她临终。1908年11月，清廷官宦只知太后患重病，忽然传出光绪帝死亡，使人疑窦丛生。“先传太后危笃，初未闻帝病加剧，乃帝先崩，疑传纷起”(金梁《光宣小传》)。现代科技手段揭示，光绪死于砒霜中毒。
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