有人认为，光绪帝所杀被慈禧。光绪帝在当政的30多年中，一直被慈禧所控制，二人的矛盾斗争也一直在进行着。慈禧病危时，深怕自己死后光绪清算，重新实行维新变法，所以派人把光绪毒死，以绝后患。
也有人认为，光绪被袁世凯害死。原因是戊戌变法时，由于袁的忘恩负义，向慈禧告密，才使维新派被镇压，光绪被囚禁。袁世凯怕光绪重新当政后，找他算账，于是勾结奕勖，打算废光绪，事不成，便借进药的机会毒死了光绪。
还有人认为，光绪被李莲英害死。太监李莲英，依仗慈禧，为虎作伥，经常捉弄陷害光绪。他害怕慈禧死后，光绪掌权对他不利，所以先下毒手，在慈禧死前将光绪毒死。
认为光绪非正常死亡的还大有人在。《逸经》第二十九期上曾发表一名叫屈桂庭的医生写的文章。他说：“光绪三十四年十月十八日最后一次进宫为光绪诊病时，发现光绪本已经好转的病情却突然恶化，在床上乱滚，大叫肚疼，三天以后就去世了”。从这点看，可以肯定的认为，光绪帝确实是被人害死的。
当然，认为光绪是因疾病致死的也有人在。这些人认为，光绪与慈禧死的时间是偶然的巧合。朱金甫在《紫禁城》第十九期上撰文认为：根据中国第一历史档案馆所藏的大量光绪帝的“脉案”、“病原”研究，发现光绪自幼多病，体质很差，用药十分频繁。且人深宫后，生活抑郁沉闷，精神不振而致身体孱弱，遗下日后的病根。光绪成年后，其病情和体质并未根本好转。根据清官医疗档案记载，光绪一生患有多种疾病。据光绪二十四年的“脉案”记载，他患有严重的神经官能症、关节炎或骨结核及血液系统的疾病。在光绪死前半年内，他肝肾阴虚，脾阳不足，气血亏损，御医已束手无策。可见光绪是由于长期患多系统的慢性消耗疾病，最后体力衰竭而死的。
无疑，光绪的死与他所处的环境有着一定的关系。光绪在慈禧的控制下，身心遭受极度摧残;变法失败后，又被慈禧囚禁，时刻处在惊恐忧虑之中。光绪曾因而哀叹“朕并不如汉献帝也!”所有这些加重他的病情、促使其中中年天亡，起了很大作用。
后世发现光绪帝头发里砒霜超标，断定光绪帝被毒死，但凶手是谁?专家和清史研究专家认为，以当时的条件、环境而论，如果没有慈禧太后的主使和授意，谁也不敢、不能下手毒杀光绪，且慈禧又有谋害光绪的动机。因而，慈禧是毒杀光绪的凶手，这就是历史的真相。
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