余教授家里，余教授和三个男学生正坐着讨论一件事。一个星期前，余教授得到一份资料，上面记载着一个叫乙村的地方独特的丧葬方式，那里不火葬，也不埋土里，人死后放在露天的地方直到化为一具白骨，然后由家里人将白骨收起来，找个箱子放起来，随意放置，或是屋里，或是地窖里，乙村人认为，这样的做法会让他们感觉亲人并未远去，会保佑他们平安。
余教授
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想去乙村考察他们特殊的丧葬风俗，问韩鹏、李赫和柳志成的意见，这三个是他最喜欢最看好的学生，他一心想要栽培这几个学生，让他们学更多知识，还有那个叫王雪的女生，余教授也很看好，但上次甲村的事件差点让王雪出事，所以这次只好瞒着王雪，免得被她知道吵着要去。韩鹏三人互相看了看对方，上次甲村事件让三人心有余悸，对这个世界有了新的认识，科学无法解释的事情真正存在。考虑了一番，三人最后决定跟随余教授一起去乙村，去乙村的事会对王雪保密。余教授对三人吩咐了一些事，便分别去准备要带的东西。
两天后，由余教授开车，四人来到了乙村。乙村还有人居住，看着四个陌生人来，眼里并未露出厌恶和防备心，热情的询问余教授来此村的原因，如果需要找人，他们可以帮忙。余教授道谢，希望村民能为他们四人找个落脚地，此时已是下午，考察研究的事得等到明天再说了。
村民为余教授找了一间无人居住的房子，那家村民已经搬走，屋里有床有桌椅，吃饭的话可以去村民家吃，余教授向村民付了钱，算是感谢。
夜晚来临，余教授借着蜡烛整理资料，上次甲村的事他已经记录了下来，但他知道，他那番人死灵魂附于树上的言论是不会被正规民俗研究界所承认的，他能做的只有详细完整的记载下来，供对这方面感兴趣相信的人看。
将木板床留给余教授，韩鹏三人打了地铺，睡下时，李赫发现木床下有一个大箱子，拿着蜡烛一照，箱子的样式有些古老，雕刻着花纹，没忍住好奇，三个男生将箱子拉了出来，一打开，三人恐惧的叫了起来，里面竟然装着一具人骨。余教授从椅子上站了起来，跑到跟前一看，倒没有很害怕，因为事先知道了乙村的死人风俗，只是没想到这家主人没带走尸骨。余教授让三人不要害怕，乙村这种保存死人骨的风俗从百年前就已经存在，把它当成研究课题就不会感到害怕了。三人点点头，做他
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们这行难免会接触到一些特殊的东西，刚才是自己大惊小怪了。将箱子重新放进床底，四人熄了蜡烛休息，明天先去找村里的老人，向他们了解将死人骨放在箱里的原因。第二天一早，四人通过村民指引，找到了村里年龄最大的一个老太太。老太太耳不聋眼不花，很是精神，告诉了四人他们这样做的原因。很久以前，这村里住着一对很恩爱的夫妻，那时候条件差，不曾想妻子在得了一场风寒病之后死去。丈夫伤
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心欲绝，不肯埋下妻子的尸骨，直到妻子的尸体完全成了一具白骨男人也没有埋，而是找来妻子生前装衣物的箱子将妻子的骨装了进去放在家里。有一年，村里来了十几个强盗，摸黑进屋的两个强盗中的一个竟然被吓死在男人的屋里，另一个喊着有鬼有鬼跑了，男人被吵醒后，模糊中看到了妻子的身影。土匪跑了，男人将看到妻子身影的事告诉了村人，后来，村人也学着男人的方式将死去亲人尸骨放在箱中家里，求亲人保佑自家平安。所以，这种放尸骨的方式一直流传下来。余教授和学生认真做着笔记，问老太太是否看见过死去亲人的灵魂，老太太认真想了想，点了点头，说某年七月十五倒是看见过自家死去老头出现在屋里，也不知是否是幻觉。老太太接着说了一件事，离村里二十里地的山上有片林子，有人说在那儿看见过很多堆积的尸骨，有人也有动物的，不过她没去看过，不知真假，如果余教授感兴趣的话可以去看看。余教授点点头，问三个男生愿意跟他一起去吗?三人表示同意。
根据老太太的指引，三人来到了那片林中，在甲村林中遇到的事让几人对树林有了畏惧，余教授安慰学生不要害怕，这林中并无甲村林中所有的阴气，大家一起行动，不要走散。四人在林中找寻着老太太所说的尸骨，突然，一棵奇怪的巨树吸引了四人的注意，当四人走近那棵约高十米的巨树时，都感到震惊。那并不是一棵真正的树，竟是用人的尸骨和动物的尸骨组成，长骨一根根用草绳连起来做了树身、树干、支架，短骨和头骨被挂在树干上模拟叶子。这太让人震惊了，究竟是谁做了这样一棵尸骨树?柳志成拿出相机给骨树拍照，每个角度都照。余教授来到骨树下仔细观察，当他绕到骨树后面时，发现树下盘坐着一具尸骨，尸骨盘着的腿上放着一本笔记，余教授拿起来翻阅。上面记载着：我很孤独，但我又不想与人作伴，我能看见灵魂，并与它们交流，它们只在晚上出现，白天的我开始收集死去的尸骨，我将它们聚在一起，做成一棵大树，我喜欢树。可是，那些尸骨上附着的灵魂陪不了我多久就要离开，它们要进入轮回。我不得不收集更多尸骨希望能找到灵魂朋友。......我活不了多久了，有时
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晚上我甚至能看见自己的灵魂出窍，它迫不及待的想要离开我的身体了吗?希望死后的我能重新投胎做人，做一个正常人。余教授的内心难以平复，身子激动的颤抖，这个神秘人记载的事超出常人理解范围，回去一定要好好研究这本笔记。他向自己的学生说了事情大概，三人也很震惊。
回到村里，余教授向那个老太太询问林中以前有人居住吗，并将自己所见告诉了老人。老太太说村里以前某家有个男孩子说自己能看见鬼，小时候常常对着空气说话，要么告诉村人后面站着谁谁谁，村人都很反感那孩子。那孩子上完三年初中，父母双双得病去世，就再也没见过他。余教授想那孩子是有阴阳眼，上天让他异于常人，他无法与正常人一样生活，所以宁愿一个人孤独存世。
四人从乙村回去后，遭到了王雪的碎碎念，直到余教授答应下次去哪儿一定带上她，耳根才获得了清静。余教授看完那本笔记，将所知道的全都告诉了学生。王雪看了一眼骨树照片很快放下，太恐怖了，不知自己在场的话会不会被吓晕。
乙村的存骨风俗研究论文余教授交给了三个学生，他相信他们一定能优秀的完成。至于骨树之事，余教授只能将它默默记下，不敢宣扬。